JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu web sitesi düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

Tüm HTTP web sitelerinde JavaScript kullanımının devre dışı bırakılmasını isteyen kullanıcıların Tor Browser Soğan menüsü altındaki "Güvenlik Düzeyi Ayarı" bölümünden Tor Browser güvenlik ayarını değiştirmeleri önerilir. Standart düzeyde JavaScript kullanımına izin verilir. Ancak Güvenli ve En Güvenli düzeylerde HTTP web sitelerinde JavaScript engellenir.