JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu web sitesi düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

Tüm HTTP web sitelerinde JavaScript kullanımının devre dışı bırakılmasını isteyen kullanıcıların Tor Browser "Güvenlik Düzeyi" bölümünden Tor Browser güvenlik düzeyi ayarını değiştirmeleri önerilir. This can be done by navigating the Security icon (the small gray shield at the top-right of the screen), then clicking on "Change...". The "Standard" level allows JavaScript, the "Safer" level blocks JavaScript on HTTP sites and the "Safest" level blocks JavaScript altogether.